Les troubles toxiques sont liés à l’action des AINS sur les cyclo-oxygénases (COX). Les produits les plus anciens agissent sur les deux isoformes connues, de façon non sélective ; tandis que les molécules développées plus récemment, dites anti-COX2, n’agissent que sur la forme induite pendant une réaction inflammatoire (COX2). Elles sont de ce fait beaucoup moins toxiques pour le système digestif, en l’absence d’ulcères pré-existants.