Le diquat est peu absorbé par voie orale : seulement 6% de la dose orale administrée est excrétée dans l’urine, alors que cette proportion passe à 90-98% lors d’administration par voie sous-cutanée.
Le diquat est éliminé sans transformation (sauf chez le lapin, pour 18% de la dose totale) par voie urinaire, essentiellement, ou biliaire.