Le chlorate de sodium est un poison oxydant et méthémoglobinisant, donc irritant pour la peau, les muqueuses et le tube digestif.
Les DL50 varient, selon les espèces, de 500 à 2000 mg/kg ; il s’agit d’une substance peu toxique mais qui présente cependant un grand risque du fait des grandes quantités qui peuvent être ingérées.
Les doses toxiques orales sont de :

• 1000 mg/kg chez les bovins
• 2000 mg/kg chez les ovins
• 500 mg/kg chez les équins
• 200 à 2000 mg/kg chez le chien
• 5000 mg/kg chez les volailles
• 1200 mg/kg chez le rat

Chez l’homme, ce produit est dangereux (irritation de la peau et des muqueuses) ; 5 à 10 grammes peuvent être fatals à un adulte, et seulement 2 grammes pour un enfant.